Crystal structure of a peptidyl pyridinium methyl ketone inhibitor with thrombin
Research article published in Biochemistry (1995)
Abstract
The crystal structure of a complex between a bivalent peptidyl pyridinium methyl ketone inhibitor and human alpha-thrombin has been solved and refined at 2.0 A to an R factor of 0.18. The inhibitor, (D)cyclohexylalanine-Pro-Arg-(CH2N+C5H4CH2CO)-(Gly)4-Asp- Tyr-Glu-Pro-Ile-Pro-Glu-Glu-Ala-cyclo-hexylalanine-(D)Glu (coded P596), which forms a reversible covalent complex with thrombin, is highly potent with a Ki = 4.6 +/- 1.0 x 10(-14) M, lower than that of recombinant hirudin. The N-terminal, active-site-directed portion of the inhibitor is linked to the fibrinogen recognition exosite binding portion by a tetraglycine segment. The strong electron-withdrawing effect provided by the permanent positive charge on the pyridinium nitrogen makes the arginyl carbonyl carbon more susceptible to nucleophilic attack. In the crystal, a covalent P596-thrombin complex is observed. The electron density surrounding the active site portion and the pyridinium of the inhibitor is very well defined, clearly showing the existence of a covalent bond between the Ser195 O gamma and the now tetrahedral carbon of the inhibitor. The decreased binding ability of thrombin inhibitors containing N-terminal acetylation is discussed as is the effect of replacing the P3 (D)phenylalanine with (D)cyclohexylalanine. The electron density surrounding the remainder of the inhibitor is generally well defined, the exceptions being the C-terminal (D)Glu, the highly flexible tetraglycine linker, and some of the solvent-directed side chains.(ABSTRACT TRUNCATED AT 250 WORDS)
Abstract sourced from PubMed (NCBI) for the cited record. See the original publication for the authoritative version.
Резюме
The crystal structure of a complex between a bivalent peptidyl pyridinium methyl ketone inhibitor and human alpha-thrombin has been solved and refined at 2.0 A to an R factor of 0.18.
Почему это важно для гирудотерапии
В данной статье сообщается о кристаллической структуре бивалентного пептидил-пиридиниевого метилкетонового ингибитора (под шифром P596) в комплексе с человеческим альфа-тромбином, расшифрованной и уточнённой при разрешении 2,0 Å до R-фактора 0,18. В реферате указано, что P596 образует обратимый ковалентный комплекс с тромбином с Ki 4,6 × 10⁻¹⁴ M, что, как указано, ниже, чем у рекомбинантного гирудина, при этом фрагмент, направленный к активному центру, соединён с фрагментом, связывающимся с фибриноген-распознающим экзосайтом, посредством тетраглицинового линкера. Для ASH релевантность носит косвенный характер: рекомбинантный гирудин используется исключительно в качестве эталонного компаратора ингибиторной активности. Оговорка состоит в том, что это сугубо структурное исследование синтетического ингибитора; пиявки, нативный гирудин или компоненты секрета слюнных желёз пиявки в нём не задействованы.
Цитирование
Crystal structure of a peptidyl pyridinium methyl ketone inhibitor with thrombin
Rehse PH et al. · Biochemistry, 1995
Связанный клинический контекст
Узнайте, как это исследование связано с клинической практикой
Добавлено в библиотеку ASH: May 27, 2026 · Последнее обновление сайта: 18 июня 2026 г.