The crystal structure of alpha-thrombin-hirunorm IV complex reveals a novel specificity site recognition mode
Research article published in Protein science : a publication of the Protein Society (1999)
Abstract
The X-ray crystal structure of the human alpha-thrombin-hirunorm IV complex has been determined at 2.5 A resolution, and refined to an R-factor of 0.173. The structure reveals an inhibitor binding mode distinctive of a true hirudin mimetic, which justifies the high inhibitory potency and the selectivity of hirunorm IV. This novel inhibitor, composed of 26 amino acids, interacts through the N-terminal end with the alpha-thrombin active site in a nonsubstrate mode, and binds specifically to the fibrinogen recognition exosite through the C-terminal end. The backbone of the N-terminal tripeptide Chg1"-Arg2"-2Na13" (Chg, cyclohexyl-glycine; 2Na1, beta-(2-naphthyl)-alanine) forms a parallel beta-strand to the thrombin main-chain segment Ser214-Gly216. The Chg1" side chain occupies the S2 site, Arg2" penetrates into the S1 specificity site, while the 2Na13" side chain occupies the aryl binding site. The Arg2" side chain enters the S1 specificity pocket from a position quite apart from the canonical P1 site. This notwithstanding, the Arg2" side chain establishes the typical ion pair with the carboxylate group of Asp189.
Abstract sourced from PubMed (NCBI) for the cited record. See the original publication for the authoritative version.
Резюме
The X-ray crystal structure of the human alpha-thrombin-hirunorm IV complex has been determined at 2.5 A resolution, and refined to an R-factor of 0.173.
Почему это важно для гирудотерапии
В этой статье представлена кристаллическая структура комплекса человеческого альфа-тромбина и гирунорма IV (hirunorm IV) с разрешением 2.5 Å, уточненная до R-фактора 0,173. В аннотации гирунорм IV описывается как новый 26-аминокислотный ингибитор, способ связывания которого характерен для истинного миметика гирудина, взаимодействующего своим N-концом с активным центром тромбина в несубстратном режиме и связывающегося с экзосайтом узнавания фибриногена через свой C-конец. Структура показывает, что Arg2" проникает в S1-специфический карман из неканонического положения, в то же время образуя типичную ионную пару с Asp189. Для ASH актуальность заключается в том, что в аннотации гирунорм IV описан как истинный миметик гирудина, структурно охарактеризованный в комплексе с тромбином. Оговорка состоит в том, что исследование является чисто кристаллографическим, и в аннотации не приводятся никакие данные in vivo или терапевтические данные.
Цитирование
The crystal structure of alpha-thrombin-hirunorm IV complex reveals a novel specificity site recognition mode
Lombardi A et al. · Protein science : a publication of the Protein Society, 1999
Связанный клинический контекст
Узнайте, как это исследование связано с клинической практикой
Добавлено в библиотеку ASH: May 27, 2026 · Последнее обновление сайта: 18 июня 2026 г.