Кристаллическая структура комплекса альфа-тромбин–хирунорм IV раскрывает новый способ распознавания сайта специфичности
The crystal structure of alpha-thrombin-hirunorm IV complex reveals a novel specificity site recognition mode
Рентгеноструктурное исследование в журнале Protein science : a publication of the Protein Society (1999)
Аннотация
The X-ray crystal structure of the human alpha-thrombin-hirunorm IV complex has been determined at 2.5 A resolution, and refined to an R-factor of 0.173. The structure reveals an inhibitor binding mode distinctive of a true hirudin mimetic, which justifies the high inhibitory potency and the selectivity of hirunorm IV. This novel inhibitor, composed of 26 amino acids, interacts through the N-terminal end with the alpha-thrombin active site in a nonsubstrate mode, and binds specifically to the fibrinogen recognition exosite through the C-terminal end. The backbone of the N-terminal tripeptide Chg1"-Arg2"-2Na13" (Chg, cyclohexyl-glycine; 2Na1, beta-(2-naphthyl)-alanine) forms a parallel beta-strand to the thrombin main-chain segment Ser214-Gly216. The Chg1" side chain occupies the S2 site, Arg2" penetrates into the S1 specificity site, while the 2Na13" side chain occupies the aryl binding site. The Arg2" side chain enters the S1 specificity pocket from a position quite apart from the canonical P1 site. This notwithstanding, the Arg2" side chain establishes the typical ion pair with the carboxylate group of Asp189.
Аннотация взята из PubMed (NCBI) для цитируемой записи и приводится на языке оригинала. Авторитетной является версия в исходной публикации.
Аннотация оставлена без перевода, чтобы сохранить собственные формулировки авторов.
Резюме
Методом рентгеновской кристаллографии определена структура комплекса человеческого α-тромбина с хирунормом IV (разрешение 2,5 Å; R-фактор 0,173). Ингибитор из 26 аминокислот N-концом взаимодействует с активным центром тромбина в несубстратном режиме, а С-концом специфически связывается с экзосайтом распознавания фибриногена. Боковая цепь Chg1" занимает сайт S2, Arg2" проникает в карман специфичности S1, а боковая цепь 2Na13" занимает арил-связывающий сайт. Боковая цепь Arg2" входит в карман S1 из положения, отличного от канонического сайта P1, однако формирует типичную ионную пару с карбоксильной группой Asp189.
Почему это важно для гирудотерапии
В этой статье представлена кристаллическая структура комплекса человеческого альфа-тромбина и гирунорма IV (hirunorm IV) с разрешением 2.5 Å, уточненная до R-фактора 0,173. В аннотации гирунорм IV описывается как новый 26-аминокислотный ингибитор, способ связывания которого характерен для истинного миметика гирудина, взаимодействующего своим N-концом с активным центром тромбина в несубстратном режиме и связывающегося с экзосайтом узнавания фибриногена через свой C-конец. Структура показывает, что Arg2" проникает в S1-специфический карман из неканонического положения, в то же время образуя типичную ионную пару с Asp189. Для гирудотерапии актуальность заключается в том, что в аннотации гирунорм IV описан как истинный миметик гирудина, структурно охарактеризованный в комплексе с тромбином. Оговорка состоит в том, что исследование является чисто кристаллографическим, и в аннотации не приводятся никакие данные in vivo или терапевтические данные.
Связанные соединения в реестре ASH
Молекулы из пиявки и препараты на основе гирудина, связанные с темой данной статьи; у каждого есть полный профиль в реестре соединений ASH:
Цитирование
Библиографическая ссылка (стиль Vancouver)
Lombardi A, De Simone G, Nastri F, Galdiero S, Della Morte R, Staiano N, et al. The crystal structure of alpha-thrombin-hirunorm IV complex reveals a novel specificity site recognition mode. Protein Sci. 1999;8(1):91-95. doi:10.1110/ps.8.1.91. PMID: 10210187
Библиографические данные (авторы, том, страницы, DOI) взяты из записи PubMed.
Связанный клинический контекст
Узнайте, как это исследование связано с клинической практикой
Похожие исследования
Другие рецензируемые исследования в разделе «Разработка лекарственных препаратов».
- Гирудотерапия в медицине и стоматологии — Jha K et al. (2015)
- Лечение пиявками: история — Hyson J (2005)
- Гирудины азиатской медицинской пиявки Hirudinaria manillensis: те же, но другие — Lukas P et al. (2019)
- Транскриптомный анализ слюнной железы медицинской пиявки Hirudo nipponia — Lu Z et al. (2018)
- Молекулярно-динамические и фармакологические исследования вариантов гирудина Hirudinaria manillensis и Hirudo medicinalis, созданных методами белковой инженерии — Sun Y et al. (2022)
- Бесклеточный синтез варианта 1 гирудина кровососущей пиявки Hirudo medicinalis — Wüstenhagen D et al. (2020)
- Получение вариантов гирудина с помощью генно-инженерной микробной фабрики — Zhang J, Lan N (2018)
- Гирудин при гепарин-индуцированной тромбоцитопении — Lubenow N, Greinacher A (2002)
- Гирудин ослабляет диабетическую нефропатию путём ингибирования Gsdmd-опосредованного пироптоза — Han J et al. (2023)
- Гирудин как альтернативный антикоагулянт: исторический обзор — Markwardt F (2002)
Добавлено в библиотеку ASH: 27 мая 2026 г. · Последнее обновление сайта: 18 июня 2026 г.