Crystal structure of thrombin in complex with S-variegin: insights of a novel mechanism of inhibition and design of tunable thrombin inhibitors
Research article published in PloS one (2011)
Abstract
The inhibition of thrombin is one of the important treatments of pathological blood clot formation. Variegin, isolated from the tropical bont tick, is a novel molecule exhibiting a unique 'two-modes' inhibitory property on thrombin active site (competitive before cleavage, noncompetitive after cleavage). For the better understanding of its function, we have determined the crystal structure of the human α-thrombin:synthetic-variegin complex at 2.4 Å resolution. The structure reveals a new mechanism of thrombin inhibition by disrupting the charge relay system. Based on the structure, we have designed 17 variegin variants, differing in potency, kinetics and mechanism of inhibition. The most active variant is about 70 times more potent than the FDA-approved peptidic thrombin inhibitor, hirulog-1/bivalirudin. In vivo antithrombotic effects of the variegin variants correlate well with their in vitro affinities for thrombin. Our results encourage that variegin and the variants show strong potential for the development of tunable anticoagulants.
Abstract sourced from PubMed (NCBI) for the cited record. See the original publication for the authoritative version.
Резюме
The inhibition of thrombin is one of the important treatments of pathological blood clot formation.
Почему это важно для гирудотерапии
В данной статье описывается кристаллическая структура с разрешением 2,4 Å комплекса человеческого альфа-тромбина с синтетическим вариегином — ингибитором тромбина, выделенным из тропического пёстрого клеща, — а также сообщается о разработке 17 вариантов вариегина. В аннотации указано, что наиболее активный вариант приблизительно в 70 раз превосходит по активности одобренный FDA пептидный ингибитор тромбина хирулог-1/бивалирудин, и что антитромботические эффекты вариантов in vivo коррелируют с их аффинностью к тромбину in vitro. Для ASH релевантность носит косвенный характер: хирулог-1/бивалирудин используется в качестве эталонного сравнительного препарата, хотя в аннотации он охарактеризован лишь как одобренный FDA пептидный ингибитор тромбина без указания его связи с гирудином. Оговорка состоит в том, что вариегин является производным клеща, а не пиявки, и исследование не затрагивает гирудотерапию или секретом пиявок напрямую.
Цитирование
Crystal structure of thrombin in complex with S-variegin: insights of a novel mechanism of inhibition and design of tunable thrombin inhibitors
Koh CY et al. · PloS one, 2011
Связанный клинический контекст
Узнайте, как это исследование связано с клинической практикой
Добавлено в библиотеку ASH: May 27, 2026 · Последнее обновление сайта: 18 июня 2026 г.