Crystal structure of a peptidyl pyridinium methyl ketone inhibitor with thrombin
Research article published in Biochemistry (1995)
Abstract
The crystal structure of a complex between a bivalent peptidyl pyridinium methyl ketone inhibitor and human alpha-thrombin has been solved and refined at 2.0 A to an R factor of 0.18. The inhibitor, (D)cyclohexylalanine-Pro-Arg-(CH2N+C5H4CH2CO)-(Gly)4-Asp- Tyr-Glu-Pro-Ile-Pro-Glu-Glu-Ala-cyclo-hexylalanine-(D)Glu (coded P596), which forms a reversible covalent complex with thrombin, is highly potent with a Ki = 4.6 +/- 1.0 x 10(-14) M, lower than that of recombinant hirudin. The N-terminal, active-site-directed portion of the inhibitor is linked to the fibrinogen recognition exosite binding portion by a tetraglycine segment. The strong electron-withdrawing effect provided by the permanent positive charge on the pyridinium nitrogen makes the arginyl carbonyl carbon more susceptible to nucleophilic attack. In the crystal, a covalent P596-thrombin complex is observed. The electron density surrounding the active site portion and the pyridinium of the inhibitor is very well defined, clearly showing the existence of a covalent bond between the Ser195 O gamma and the now tetrahedral carbon of the inhibitor. The decreased binding ability of thrombin inhibitors containing N-terminal acetylation is discussed as is the effect of replacing the P3 (D)phenylalanine with (D)cyclohexylalanine. The electron density surrounding the remainder of the inhibitor is generally well defined, the exceptions being the C-terminal (D)Glu, the highly flexible tetraglycine linker, and some of the solvent-directed side chains.(ABSTRACT TRUNCATED AT 250 WORDS)
Abstract sourced from PubMed (NCBI) for the cited record. See the original publication for the authoritative version.
Zusammenfassung
The crystal structure of a complex between a bivalent peptidyl pyridinium methyl ketone inhibitor and human alpha-thrombin has been solved and refined at 2.0 A to an R factor of 0.18.
Warum dies für die Hirudotherapie relevant ist
Dieser Artikel berichtet über die Kristallstruktur eines bivalenten Peptidyl-Pyridinium-Methylketon-Inhibitors (Code P596) im Komplex mit humanem Alpha-Thrombin, gelöst und verfeinert bei 2,0 Å mit einem R-Faktor von 0,18. Die Zusammenfassung beschreibt, dass P596 einen reversiblen kovalenten Komplex mit Thrombin bildet mit einem Ki von 4,6 × 10⁻¹⁴ M, angegeben als niedriger als der von rekombinantem Hirudin, wobei ein aktivstellen-gerichteter Anteil über eine Tetraglycin-Sequenz mit einem Fibrinogen-Erkennungsexositen-bindenden Anteil verknüpft ist. Für ASH ist die Relevanz indirekt: rekombinantes Hirudin dient ausschließlich als Vergleichsbenchmark für die inhibitorische Potenz. Die Einschränkung besteht darin, dass es sich um eine rein strukturelle Studie eines synthetischen Inhibitors handelt; keine Egel, kein ganzes Hirudin oder Komponenten des Egelsekretoms sind involviert.
Zitation
Crystal structure of a peptidyl pyridinium methyl ketone inhibitor with thrombin
Rehse PH et al. · Biochemistry, 1995
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Zur ASH-Bibliothek hinzugefügt: May 27, 2026 · Letzte Aktualisierung der Website: 18. Juni 2026