Amerikanische Gesellschaft für Hirudotherapie

The crystal structure of alpha-thrombin-hirunorm IV complex reveals a novel specificity site recognition mode

Research article published in Protein science : a publication of the Protein Society (1999)

Zuletzt aktualisiert: 18. Juni 2026Geprüft von: ASH Editorial Board
Forschungsartikel – EvidenzreviewArtikelreferenz
Evidence: Research reportArzneimittelentwicklungLombardi A et al. · Protein science : a publication of the Protein Society, 1999

Abstract

The X-ray crystal structure of the human alpha-thrombin-hirunorm IV complex has been determined at 2.5 A resolution, and refined to an R-factor of 0.173. The structure reveals an inhibitor binding mode distinctive of a true hirudin mimetic, which justifies the high inhibitory potency and the selectivity of hirunorm IV. This novel inhibitor, composed of 26 amino acids, interacts through the N-terminal end with the alpha-thrombin active site in a nonsubstrate mode, and binds specifically to the fibrinogen recognition exosite through the C-terminal end. The backbone of the N-terminal tripeptide Chg1"-Arg2"-2Na13" (Chg, cyclohexyl-glycine; 2Na1, beta-(2-naphthyl)-alanine) forms a parallel beta-strand to the thrombin main-chain segment Ser214-Gly216. The Chg1" side chain occupies the S2 site, Arg2" penetrates into the S1 specificity site, while the 2Na13" side chain occupies the aryl binding site. The Arg2" side chain enters the S1 specificity pocket from a position quite apart from the canonical P1 site. This notwithstanding, the Arg2" side chain establishes the typical ion pair with the carboxylate group of Asp189.

Abstract sourced from PubMed (NCBI) for the cited record. See the original publication for the authoritative version.

Publication typeJournal ArticleResearch Support, Non-U.S. Gov't
Indexed MeSH termsAmino Acid SequenceCrystallography, X-RayHumansModels, MolecularMolecular Sequence DataPeptidesProtein ConformationSubstrate SpecificityThrombin

Zusammenfassung

The X-ray crystal structure of the human alpha-thrombin-hirunorm IV complex has been determined at 2.5 A resolution, and refined to an R-factor of 0.173.

Warum dies für die Hirudotherapie relevant ist

Dieser Artikel präsentiert die 2,5-Å-Kristallstruktur des humanen Alpha-Thrombin–Hirunorm-IV-Komplexes, verfeinert auf einen R-Faktor von 0,173. Das Abstract beschreibt Hirunorm IV als neuartigen 26-Aminosäuren-Inhibitor, dessen Bindungsmodus charakteristisch für ein echtes Hirudin-Mimetikum ist, das über seinen N-terminalen Bereich mit dem aktiven Zentrum des Thrombins in einem Nicht-Substrat-Modus interagiert und über seinen C-terminalen Bereich an die Fibrinogen-Erkennungsexosite bindet. Die Struktur zeigt, dass Arg2" aus einer nichtkanonischen Position in die S1-Spezifitätstasche eintritt und dennoch das typische Ionenpaar mit Asp189 bildet. Für ASH besteht die Relevanz darin, dass Hirunorm IV im Abstract als echtes Hirudin-Mimetikum beschrieben wird, das strukturell im Komplex mit Thrombin charakterisiert wurde. Die Einschränkung besteht darin, dass die Studie rein kristallographisch ist und das Abstract keine In-vivo- oder therapeutischen Daten liefert.

Zitation

The crystal structure of alpha-thrombin-hirunorm IV complex reveals a novel specificity site recognition mode

Lombardi A et al. · Protein science : a publication of the Protein Society, 1999

DOI

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Zur ASH-Bibliothek hinzugefügt: May 27, 2026 · Letzte Aktualisierung der Website: 18. Juni 2026

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