Two heads are better than one: crystal structure of the insect derived double domain Kazal inhibitor rhodniin in complex with thrombin
Research article published in The EMBO journal (1995)
Abstract
Rhodniin is a highly specific inhibitor of thrombin isolated from the assassin bug Rhodnius prolixus. The 2.6 Angstrum crystal structure of the non-covalent complex between recombinant rhodniin and bovine alpha-thrombin reveals that the two Kazal-type domains of rhodniin bind to different sites of thrombin. The amino-terminal domain binds in a substrate-like manner to the narrow active-site cleft of thrombin; the imidazole group of the P1 His residue extends into the S1 pocket to form favourable hydrogen/ionic bonds with Asp189 at its bottom, and additionally with Glu192 at its entrance. The carboxy-terminal domain, whose distorted reactive-site loop cannot adopt the canonical conformation, docks to the fibrinogen recognition exosite via extensive electrostatic interactions. The rather acidic polypeptide linking the two domains is displaced from the thrombin surface, with none of its residues involved in direct salt bridges with thrombin. The tight (Ki = 2 x 10(-13) M) binding of rhodniin to thrombin is the result of the sum of steric and charge complementarity of the amino-terminal domain towards the active-site cleft, and of the electrostatic interactions between the carboxy-terminal domain and the exosite.
Abstract sourced from PubMed (NCBI) for the cited record. See the original publication for the authoritative version.
Резюме
Rhodniin is a highly specific inhibitor of thrombin isolated from the assassin bug Rhodnius prolixus.
Почему это важно для гирудотерапии
В статье сообщается о кристаллической структуре с разрешением 2,6 Å родниина — высокоспецифичного ингибитора тромбина из хищнеца Rhodnius prolixus — в комплексе с бычьим α-тромбином. В аннотации описан ингибитор с двумя Kazal-доменами, N-концевой домен которого связывается с активным центром по субстратоподобному типу (P1 His в S1-кармане), тогда как С-концевой домен стыкуется с экзосайтом распознавания фибриногена, обеспечивая прочное связывание (Ki ~2×10^-13 М). Для ASH исследование релевантно как сравнительный пример конвергентного двухсайтового ингибирования тромбина у кровососущего членистоногого, концептуально параллельного механизму действия гирудина. Оговорка состоит в том, что пиявки или молекулы пиявечного происхождения не задействованы; релевантность является косвенной и сугубо сравнительной.
Цитирование
Two heads are better than one: crystal structure of the insect derived double domain Kazal inhibitor rhodniin in complex with thrombin
van de Locht A et al. · The EMBO journal, 1995
Связанный клинический контекст
Узнайте, как это исследование связано с клинической практикой
Добавлено в библиотеку ASH: May 27, 2026 · Последнее обновление сайта: 18 июня 2026 г.