Crystal structure of human alpha-thrombin complexed with hirugen and p-amidinophenylpyruvate at 1.6 A resolution
Research article published in Archives of biochemistry and biophysics (1995)
Abstract
Crystals of human alpha-thrombin complexed with hirugen and the alpha-keto acid thrombin inhibitor APPA (p-amidinophenylpyruvate) that diffract to 1.6 A resolution were obtained by soaking an alpha-thrombin-hirugen crystal in a solution of APPA. The crystal structure was determined using the difference Fourier method and refined to an R factor of 18.7% at 1.6 A resolution. This structure is the highest resolution structure of the thrombin molecule that is currently available. With the exception of the region near Arg77A-Asn78, the structures of the thrombin and hirugen molecules in the ternary complex are similar to those reported for the thrombin-hirugen binary complex. As previously determined for the APPA-trypsin complex, the carbonyl carbon atom of APPA forms a covalent bond with O gamma of Ser195 of thrombin to yield a "transition-state" analog of the tetrahedral intermediate. Comparison of the specificity pocket of the APPA complexes of thrombin and trypsin reveals differences in hydrogen bonding and shows for the first time that the S1 site of thrombin is larger than that of trypsin and as a result thrombin may be able to accommodate a bulkier P1 group than trypsin.
Abstract sourced from PubMed (NCBI) for the cited record. See the original publication for the authoritative version.
Резюме
Crystals of human alpha-thrombin complexed with hirugen and the alpha-keto acid thrombin inhibitor APPA (p-amidinophenylpyruvate) that diffract to 1.6 A resolution were obtained by soaking an alpha-thrombin-hirugen crystal in a solution of APPA.
Почему это важно для гирудотерапии
В данной статье описана кристаллическая структура человеческого альфа-тромбина в комплексе с гиругеном и APPA (п-амидинофенилпируватом) с разрешением 1,6 Å, заявленная как структура тромбина с наивысшим разрешением из доступных в настоящее время. В резюме указано, что молекулы тромбина и гиругена в тройном комплексе подобны таковым в описанном ранее двойном комплексе тромбин-гируген; описана ковалентная связь между APPA и Ser195 как аналог переходного состояния, а также проведено сравнение специфических карманов тромбина и трипсина, демонстрирующее, что сайт S1 тромбина крупнее. Для ASH значимость носит косвенный характер: гируген является поименованным компонентом комплекса, хотя в резюме не уточняются его происхождение или структурная связь с гирудином. Ограничение состоит в том, что исследование является чисто кристаллографическим/in vitro и не содержит терапевтических или in vivo данных.
Цитирование
Crystal structure of human alpha-thrombin complexed with hirugen and p-amidinophenylpyruvate at 1.6 A resolution
Chen Z et al. · Archives of biochemistry and biophysics, 1995
Связанный клинический контекст
Узнайте, как это исследование связано с клинической практикой
Добавлено в библиотеку ASH: May 27, 2026 · Последнее обновление сайта: 18 июня 2026 г.