Баркодирование, типовые образцы и «файлы Hirudo»: использование информационного содержания для критической оценки идентичности ДНК-баркодов

Species identifications based on DNA barcoding rely on the correct identity of previously barcoded specimens, but little attention has been given to whether deposited barcodes include correspondence to the species' name-bearing type. The information content associated with COX1 sequences in the two most commonly used repositories of barcodes, GenBank and the Barcode of Life Data System (BOLD), is often insufficient for subsequent evaluation of the robustness of the identification procedure. We argue that DNA barcoding and taxonomy alike will benefit from more information content in the annotations of barcoded specimens as this will allow for validation and re-evaluation of the initial specimen identification. The aim should be to closely connect specimens from which reference barcodes are generated with the holotype through straight-forward taxonomy, and geographical and genetic correlations. Annotated information should also include voucher specimens and collector/identifier information. We examine two case studies based on empirical data, in which barcoding and taxonomy benefit from increased information content. On the basis of data from the first case study, we designate a barcoded neotype of the European medicinal leech, Hirudo medicinalis, on morphological and geographical grounds.

Аннотация взята из PubMed (NCBI) для цитируемой записи и приводится на языке оригинала. Авторитетной является версия в исходной публикации.

Аннотация оставлена без перевода, чтобы сохранить собственные формулировки авторов.

В статье обсуждается, что идентификация видов по ДНК-баркодам зависит от правильности определения исходных экземпляров, а сведения о штрихкодах COX1 в GenBank и BOLD часто недостаточны для проверки процедуры. Авторы предлагают связывать референсные экземпляры с голотипом средствами таксономии, географических и генетических корреляций и включать в аннотации данные о ваучерных экземплярах, сборщиках и определителях. На двух эмпирических примерах показана польза такого подхода; в первом случае по морфологическим и географическим основаниям для европейской медицинской пиявки Hirudo medicinalis обозначен неотип, с которого получен баркод.

Узнайте, как это исследование связано с клинической практикой

Другие рецензируемые исследования в разделе «Безопасность и инфекционный контроль».

• Улучшение ухода за пациентами с помощью гирудотерапии и обращение с пиявками от их получения до утилизации во Франции — Vaesken C et al. (2023)
• Гирудотерапия (медицинские пиявки) в лечении обструкции верхних дыхательных путей у собаки — Trenholme H, Masseau I, Reinero C (2021)
• Анализ устойчивых к антибиотикам инфекций, связанных с гирудотерапией — Brauer P et al. (2024)
• Синдром Куниса, обусловленный гирудотерапией (лечением пиявками), в отделении неотложной помощи; клинический случай — Çakmak T et al. (2018)
• Осложнения гирудотерапии — Pourrahimi M, Abdi M, Ghods R (2020)
• Лечение медицинскими пиявками и инфекция, вызванная Aeromonas spp. — Verriere B et al. (2016)
• Переосмысление антимикробной профилактики у пациентов, получающих лечение медицинскими пиявками — McCracken J, Koehler S, Sharma R (2022)
• Профилактическое применение левофлоксацина при лечении медицинскими пиявками — Bauters T et al. (2014)
• Кровотечение из верхних отделов желудочно-кишечного тракта, связанное с применением пиявок: описание клинического случая — Dolek U et al. (2023)
• Клиническое испытание по оценке применения пиявок в лечении вичарчики (Vicarcikā; экзема) — Shankar K et al. (2014)

Все исследования, проанализированные ASH →