La regulación espacial domina la función génica en la cadena de ganglios

MOTIVATION: To understand the molecular mechanisms of neurons, it is imperative to identify genomic dissimilarities within the heterogeneity of the neural system. This is especially true for neuronal disorders in which spatial considerations are of critical nature. For this purpose, Hirudo medicinalis provides here an ideal system in which we are able to follow gene expression along the central nervous system, to affiliate location with gene behavior. RESULTS: In all, 221.1 million high-quality short reads were sequenced on the Illumina Hiseq2000 platform at the single ganglion level. Thereafter, a de novo assembly was performed using two state-of-the-art assemblers, Trinity and Trans-ABySS, to reconstruct a comprehensive de novo transcriptome. Classification of Trinity and Trans-ABySS transcripts produced a non-redundant set of 76 845 and 268 355 transcripts (>200 bp), respectively. Remarkably, using Trinity, 82% of the published medicinal leech messenger RNAs was identified. For the innexin family, all of the 21 recently reported genes were identified. Spatial regulation analysis across three ganglia throughout the entire central nervous system revealed distinct patterns of gene expression. These transcriptome data were combined with expression distribution to produce a spatio-transcripto map along the ganglia chain. This study provides a resource for gene discovery and gene regulation in future studies.

Resumen tomado de PubMed (NCBI) para el registro citado, en el idioma original. La versión de referencia es la de la publicación original.

El resumen se deja sin traducir para conservar la redacción original de los autores.

En Hirudo medicinalis se secuenciaron 221,1 millones de lecturas cortas (Illumina Hiseq2000) por ganglio individual. El ensamblaje de novo con Trinity y Trans-ABySS generó 76 845 y 268 355 transcritos (>200 pb). Se identificaron los 21 genes de innexina descritos recientemente y, con Trinity, el 82 % de los ARNm publicados. El análisis de tres ganglios reveló patrones de expresión diferenciados y un mapa espaciotranscriptómico de la cadena ganglionar; según los autores, el estudio aporta un recurso para estudios futuros.

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