Sociedad Americana de Hirudoterapia

De novo transcriptome assembly databases for the central nervous system of the medicinal leech

Dataset published in Sci Data (2015)

Última actualización: 18 de junio de 2026Revisado por: ASH Editorial Board
Artículo de investigación — revisión de evidenciaReferencia del artículo
Evidence: Preclinical (animal)Genómica y proteómicaNorthcutt AJ et al. · Scientific data, 2015

Abstract

The study of non-model organisms stands to benefit greatly from genetic and genomic data. For a better understanding of the molecular mechanisms driving neuronal development, and to characterize the entire leech Hirudo medicinalis central nervous system (CNS) transcriptome we combined Trinity for de-novo assembly and Illumina HiSeq2000 for RNA-Seq. We present a set of 73,493 de-novo assembled transcripts for the leech, reconstructed from RNA collected, at a single ganglion resolution, from the CNS. This set of transcripts greatly enriches the available data for the leech. Here, we share two databases, such that each dataset allows a different type of search for candidate homologues. The first is the raw set of assembled transcripts. This set allows a sequence-based search. A comprehensive analysis of which revealed 22,604 contigs with high e-values, aligned versus the Swiss-Prot database. This analysis enabled the production of the second database, which includes correlated sequences to annotated transcript names, with the confidence of BLAST best hit.

Abstract sourced from PubMed (NCBI) for the cited record. See the original publication for the authoritative version.

Publication typeDatasetJournal ArticleResearch Support, Non-U.S. Gov'tResearch Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S.
Indexed MeSH termsAnimalsBase SequenceCentral Nervous SystemDatabases, GeneticHirudo medicinalisTranscriptome

Resumen

De-novo transcriptome assembly of the central nervous system of the medicinal leech Hirudo verbana — a resource for neuronal-development and neurophysiology studies in non-model organisms.

Por qué esto importa para la hirudoterapia

Este estudio combinó el ensamblaje de novo con Trinity con RNA-Seq en Illumina HiSeq2000 para caracterizar el transcriptoma del sistema nervioso central de la sanguijuela medicinal Hirudo medicinalis, produciendo 73.493 transcritos ensamblados a partir de ARN recolectado con resolución de ganglio único. Los autores informan de 22.604 contigs con valores e altos alineados con la base de datos Swiss-Prot y proporcionan dos bases de datos consultables para la identificación de homólogos candidatos. Para el dominio de la ASH, la relevancia es indirecta: el resumen describe únicamente datos del transcriptoma del SNC y no menciona glándulas salivales, anticoagulantes, componentes terapéuticos del secretoma ni aplicaciones de hirudoterapia. El propósito declarado es caracterizar el desarrollo neuronal, por lo que cualquier vínculo terapéutico con las sanguijuelas no está respaldado por el resumen.

Citación

De novo transcriptome assembly databases for the central nervous system of the medicinal leech.

Northcutt AJ et al. · Scientific data, 2015

DOI

Contexto clínico relacionado

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Species IdentificationTaxonomySalivary Gland SecretionSalivary ComplexNervous SystemNeurotrophic EffectsOtolaryngology

Añadido a la biblioteca ASH: May 27, 2026 · Última actualización del sitio: 18 de junio de 2026

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