Bases de datos de ensamblajes de novo del transcriptoma para el sistema nervioso central de la sanguijuela medicinal

The study of non-model organisms stands to benefit greatly from genetic and genomic data. For a better understanding of the molecular mechanisms driving neuronal development, and to characterize the entire leech Hirudo medicinalis central nervous system (CNS) transcriptome we combined Trinity for de-novo assembly and Illumina HiSeq2000 for RNA-Seq. We present a set of 73,493 de-novo assembled transcripts for the leech, reconstructed from RNA collected, at a single ganglion resolution, from the CNS. This set of transcripts greatly enriches the available data for the leech. Here, we share two databases, such that each dataset allows a different type of search for candidate homologues. The first is the raw set of assembled transcripts. This set allows a sequence-based search. A comprehensive analysis of which revealed 22,604 contigs with high e-values, aligned versus the Swiss-Prot database. This analysis enabled the production of the second database, which includes correlated sequences to annotated transcript names, with the confidence of BLAST best hit.

Resumen tomado de PubMed (NCBI) para el registro citado, en el idioma original. La versión de referencia es la de la publicación original.

El resumen se deja sin traducir para conservar la redacción original de los autores.

Para caracterizar el transcriptoma del SNC de Hirudo medicinalis se combinó ensamblaje de novo (Trinity) con RNA-Seq Illumina HiSeq2000. A partir de ARN del SNC, recogido con resolución de un ganglio, se obtuvieron 73 493 transcritos ensamblados. El análisis frente a Swiss-Prot identificó 22 604 contigs con valores E altos, origen de una segunda base con homólogos BLAST. Los autores comparten ambas bases para búsquedas por secuencia u homología y las consideran un enriquecimiento sustancial de los recursos.

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