Estructura cristalina de la α-trombina humana en complejo con hirugen y p-amidinofenilpiruvato a una resolución de 1,6 Å

Crystals of human alpha-thrombin complexed with hirugen and the alpha-keto acid thrombin inhibitor APPA (p-amidinophenylpyruvate) that diffract to 1.6 A resolution were obtained by soaking an alpha-thrombin-hirugen crystal in a solution of APPA. The crystal structure was determined using the difference Fourier method and refined to an R factor of 18.7% at 1.6 A resolution. This structure is the highest resolution structure of the thrombin molecule that is currently available. With the exception of the region near Arg77A-Asn78, the structures of the thrombin and hirugen molecules in the ternary complex are similar to those reported for the thrombin-hirugen binary complex. As previously determined for the APPA-trypsin complex, the carbonyl carbon atom of APPA forms a covalent bond with O gamma of Ser195 of thrombin to yield a "transition-state" analog of the tetrahedral intermediate. Comparison of the specificity pocket of the APPA complexes of thrombin and trypsin reveals differences in hydrogen bonding and shows for the first time that the S1 site of thrombin is larger than that of trypsin and as a result thrombin may be able to accommodate a bulkier P1 group than trypsin.

Resumen tomado de PubMed (NCBI) para el registro citado, en el idioma original. La versión de referencia es la de la publicación original.

El resumen se deja sin traducir para conservar la redacción original de los autores.

Mediante inmersión de un cristal de α-trombina humana e hirugen en APPA (p-amidinofenilpiruvato) se obtuvieron cristales del complejo ternario que difractan a 1,6 Å; la estructura se refinó a un factor R de 18,7 % y es la de mayor resolución disponible. El carbono carbonílico del APPA forma un enlace covalente con el Oγ de Ser195. La cavidad S1 de la trombina es mayor que la de la tripsina y podría alojar un grupo P1 más voluminoso.

Explore cómo esta investigación se conecta con la práctica clínica

Más estudios revisados por pares en la categoría «Desarrollo de fármacos».

• Hirudoterapia en medicina y odontología — Jha K et al. (2015)
• Terapia con sanguijuelas: una historia — Hyson J (2005)
• Hirudinas de la sanguijuela medicinal asiática Hirudinaria manillensis: iguales, pero diferentes — Lukas P et al. (2019)
• Transcriptomic analysis of the salivary gland of medicinal leech Hirudo nipponia — Lu Z et al. (2018)
• Molecular dynamic and pharmacological studies on protein-engineered hirudin variants of Hirudinaria manillensis and Hirudo medicinalis — Sun Y et al. (2022)
• Síntesis acelular de la variante 1 de hirudina de la sanguijuela hematófaga Hirudo medicinalis — Wüstenhagen D et al. (2020)
• Producción de variantes de hirudina mediante fábricas microbianas modificadas genéticamente — Zhang J, Lan N (2018)
• Hirudina en la trombocitopenia inducida por heparina — Lubenow N, Greinacher A (2002)
• La hirudina mejora la nefropatía diabética al inhibir la piroptosis mediada por Gsdmd — Han J et al. (2023)
• La hirudina como anticoagulante alternativo: una revisión histórica — Markwardt F (2002)

Ver toda la investigación analizada por la ASH →