Código de barras de ADN, tipos y los archivos Hirudo: uso del contenido de información para evaluar críticamente la identidad de los códigos de barras de ADN
Barcoding, types and the Hirudo files: using information content to critically evaluate the identity of DNA barcodes
Estudio metodológico en la revista Mitochondrial DNA (2010)
Resumen
Species identifications based on DNA barcoding rely on the correct identity of previously barcoded specimens, but little attention has been given to whether deposited barcodes include correspondence to the species' name-bearing type. The information content associated with COX1 sequences in the two most commonly used repositories of barcodes, GenBank and the Barcode of Life Data System (BOLD), is often insufficient for subsequent evaluation of the robustness of the identification procedure. We argue that DNA barcoding and taxonomy alike will benefit from more information content in the annotations of barcoded specimens as this will allow for validation and re-evaluation of the initial specimen identification. The aim should be to closely connect specimens from which reference barcodes are generated with the holotype through straight-forward taxonomy, and geographical and genetic correlations. Annotated information should also include voucher specimens and collector/identifier information. We examine two case studies based on empirical data, in which barcoding and taxonomy benefit from increased information content. On the basis of data from the first case study, we designate a barcoded neotype of the European medicinal leech, Hirudo medicinalis, on morphological and geographical grounds.
Resumen tomado de PubMed (NCBI) para el registro citado, en el idioma original. La versión de referencia es la de la publicación original.
El resumen se deja sin traducir para conservar la redacción original de los autores.
Síntesis
Los autores argumentan que el contenido informativo de las secuencias COX1 en GenBank y BOLD suele ser insuficiente para validar códigos de barras de ADN y abogan por una mayor conexión entre muestras de referencia y holotipos. Sostienen que una anotación más completa, con especímenes voucher e información del colector, permitiría validar y reevaluar las identificaciones; dos estudios de caso ilustran su beneficio. A partir del primer estudio designan un neotipo de Hirudo medicinalis sobre bases morfológicas y geográficas.
Por qué esto importa para la hirudoterapia
Este estudio examinó el contenido informativo y la fiabilidad de los códigos de barras de ADN depositados en GenBank y BOLD, utilizando la sanguijuela medicinal europea Hirudo medicinalis como uno de dos estudios de caso empíricos. Los autores argumentan que las anotaciones de los códigos de barras deben incluir los detalles de los especímenes de referencia, la información del colector/identificador y las conexiones con los tipos portadores de nombre, y designan un neotipo con código de barras de H. medicinalis con base en criterios morfológicos y geográficos para mejorar los estándares de referencia. El estudio es principalmente una contribución metodológica y taxonómica más que clínica; no aborda los resultados terapéuticos, la composición del secretoma ni ninguna aplicación terapéutica de las sanguijuelas. Su único vínculo con la terapia con sanguijuelas es que un estudio de caso involucra a Hirudo medicinalis, una especie asociada con el uso medicinal de la sanguijuela, pero el resumen en sí no establece ningún vínculo con la hirudoterapia ni con ningún uso aplicado de esta especie.
Citación
Referencia (estilo Vancouver)
Kvist S, Oceguera-Figueroa A, Siddall ME, Erséus C. Barcoding, types and the Hirudo files: using information content to critically evaluate the identity of DNA barcodes. Mitochondrial DNA. 2010;21(6):198-205. doi:10.3109/19401736.2010.529905. PMID: 21171864
Los datos bibliográficos (autores, volumen, páginas, DOI) proceden del registro de PubMed.
Contexto clínico relacionado
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