Two heads are better than one: crystal structure of the insect derived double domain Kazal inhibitor rhodniin in complex with thrombin
Research article published in The EMBO journal (1995)
Abstract
Rhodniin is a highly specific inhibitor of thrombin isolated from the assassin bug Rhodnius prolixus. The 2.6 Angstrum crystal structure of the non-covalent complex between recombinant rhodniin and bovine alpha-thrombin reveals that the two Kazal-type domains of rhodniin bind to different sites of thrombin. The amino-terminal domain binds in a substrate-like manner to the narrow active-site cleft of thrombin; the imidazole group of the P1 His residue extends into the S1 pocket to form favourable hydrogen/ionic bonds with Asp189 at its bottom, and additionally with Glu192 at its entrance. The carboxy-terminal domain, whose distorted reactive-site loop cannot adopt the canonical conformation, docks to the fibrinogen recognition exosite via extensive electrostatic interactions. The rather acidic polypeptide linking the two domains is displaced from the thrombin surface, with none of its residues involved in direct salt bridges with thrombin. The tight (Ki = 2 x 10(-13) M) binding of rhodniin to thrombin is the result of the sum of steric and charge complementarity of the amino-terminal domain towards the active-site cleft, and of the electrostatic interactions between the carboxy-terminal domain and the exosite.
Abstract sourced from PubMed (NCBI) for the cited record. See the original publication for the authoritative version.
Zusammenfassung
Rhodniin is a highly specific inhibitor of thrombin isolated from the assassin bug Rhodnius prolixus.
Warum dies für die Hirudotherapie relevant ist
Dieser Artikel berichtet über die 2,6 Å-Kristallstruktur von Rhodniin, einem hochspezifischen Thrombininhibitor aus der Raubwanze Rhodnius prolixus, im Komplex mit bovinem α-Thrombin. Das Abstract beschreibt einen Inhibitor mit zwei Kazal-Domänen, dessen N-terminale Domäne substratähnlich (P1-His in der S1-Tasche) an das aktive Zentrum bindet, während die C-terminale Domäne an die Fibrinogenerkennungs-Exosite andockt, was zu einer starken Bindung führt (Ki ~2 x 10^-13 M). Für ASH ist dies als vergleichendes Beispiel einer konvergenten Doppelseiten-Thrombininhibition bei einem blutsaugenden Arthropoden relevant, konzeptionell parallel zu Hirudins Mechanismus. Die Einschränkung besteht darin, dass keine Blutegel oder von Blutegeln stammenden Moleküle beteiligt sind; die Relevanz ist indirekt und ausschließlich vergleichend.
Zitation
Two heads are better than one: crystal structure of the insect derived double domain Kazal inhibitor rhodniin in complex with thrombin
van de Locht A et al. · The EMBO journal, 1995
Verwandter klinischer Kontext
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Zur ASH-Bibliothek hinzugefügt: May 27, 2026 · Letzte Aktualisierung der Website: 18. Juni 2026