Amerikanische Gesellschaft für Hirudotherapie

De novo transcriptome assembly databases for the central nervous system of the medicinal leech

Dataset published in Sci Data (2015)

Zuletzt aktualisiert: 18. Juni 2026Geprüft von: ASH Editorial Board
Forschungsartikel – EvidenzreviewArtikelreferenz
Evidence: Preclinical (animal)Genomik & ProteomikNorthcutt AJ et al. · Scientific data, 2015

Abstract

The study of non-model organisms stands to benefit greatly from genetic and genomic data. For a better understanding of the molecular mechanisms driving neuronal development, and to characterize the entire leech Hirudo medicinalis central nervous system (CNS) transcriptome we combined Trinity for de-novo assembly and Illumina HiSeq2000 for RNA-Seq. We present a set of 73,493 de-novo assembled transcripts for the leech, reconstructed from RNA collected, at a single ganglion resolution, from the CNS. This set of transcripts greatly enriches the available data for the leech. Here, we share two databases, such that each dataset allows a different type of search for candidate homologues. The first is the raw set of assembled transcripts. This set allows a sequence-based search. A comprehensive analysis of which revealed 22,604 contigs with high e-values, aligned versus the Swiss-Prot database. This analysis enabled the production of the second database, which includes correlated sequences to annotated transcript names, with the confidence of BLAST best hit.

Abstract sourced from PubMed (NCBI) for the cited record. See the original publication for the authoritative version.

Publication typeDatasetJournal ArticleResearch Support, Non-U.S. Gov'tResearch Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S.
Indexed MeSH termsAnimalsBase SequenceCentral Nervous SystemDatabases, GeneticHirudo medicinalisTranscriptome

Zusammenfassung

De-novo transcriptome assembly of the central nervous system of the medicinal leech Hirudo verbana — a resource for neuronal-development and neurophysiology studies in non-model organisms.

Warum dies für die Hirudotherapie relevant ist

Diese Studie kombinierte Trinity-de-novo-Assemblierung mit Illumina-HiSeq2000-RNA-Seq zur Charakterisierung des ZNS-Transkriptoms des medizinischen Blutegels Hirudo medicinalis und erzeugte 73.493 assemblierte Transkripte aus RNA, die in Einzelganglion-Auflösung gewonnen wurde. Die Autoren berichten über 22.604 Contigs mit hohen E-Werten, die mit der Swiss-Prot-Datenbank aligniert wurden, und stellen zwei durchsuchbare Datenbanken zur Kandidaten-Homolog-Identifikation bereit. Für den Bereich der ASH ist die Relevanz indirekt: Das Abstract beschreibt ausschließlich ZNS-Transkriptomdaten und erwähnt weder Speicheldrüsen, Antikoagulanzien, therapeutische Sekretomkomponenten noch Anwendungen der Hirudotherapie. Der angegebene Zweck ist die Charakterisierung der neuronalen Entwicklung, sodass jede Verknüpfung mit therapeutischen Blutegeln durch das Abstract nicht gestützt wird.

Zitation

De novo transcriptome assembly databases for the central nervous system of the medicinal leech.

Northcutt AJ et al. · Scientific data, 2015

DOI

Verwandter klinischer Kontext

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Species IdentificationTaxonomySalivary Gland SecretionSalivary ComplexNervous SystemNeurotrophic EffectsOtolaryngology

Zur ASH-Bibliothek hinzugefügt: May 27, 2026 · Letzte Aktualisierung der Website: 18. Juni 2026

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