Datenbanken de-novo assemblierter Transkriptome für das Zentralnervensystem des medizinischen Blutegels

The study of non-model organisms stands to benefit greatly from genetic and genomic data. For a better understanding of the molecular mechanisms driving neuronal development, and to characterize the entire leech Hirudo medicinalis central nervous system (CNS) transcriptome we combined Trinity for de-novo assembly and Illumina HiSeq2000 for RNA-Seq. We present a set of 73,493 de-novo assembled transcripts for the leech, reconstructed from RNA collected, at a single ganglion resolution, from the CNS. This set of transcripts greatly enriches the available data for the leech. Here, we share two databases, such that each dataset allows a different type of search for candidate homologues. The first is the raw set of assembled transcripts. This set allows a sequence-based search. A comprehensive analysis of which revealed 22,604 contigs with high e-values, aligned versus the Swiss-Prot database. This analysis enabled the production of the second database, which includes correlated sequences to annotated transcript names, with the confidence of BLAST best hit.

Abstract aus PubMed (NCBI) für den zitierten Eintrag, in der Originalsprache wiedergegeben. Maßgeblich ist die Fassung der Originalpublikation.

Das Abstract wird nicht übersetzt, damit die eigene Wortwahl der Autoren erhalten bleibt.

Zur Charakterisierung des Transkriptoms des zentralen Nervensystems (ZNS) von Hirudo medicinalis wurden mittels Trinity eine de-novo-Assemblierung und Illumina HiSeq2000 RNA-Seq kombiniert. Aus RNA, die ganglionweise aus dem ZNS gewonnen wurde, entstanden 73 493 de-novo assemblierte Transkripte. Eine Swiss-Prot-basierte Sequenzanalyse ergab 22 604 Contigs mit hohen E-Werten; daraus wurde eine zweite Datenbank mit BLAST-Treffern abgeleitet. Beide Datenbanken werden für sequenz- und homologiegeleitete Suchen zur Verfügung gestellt; die Autoren sehen sie als deutliche Erweiterung der verfügbaren Daten zum Blutegel.

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