Kristallstruktur von humanem α-Thrombin im Komplex mit Hirugen und p-Amidinophenylpyruvat bei 1,6 Å Auflösung

Crystals of human alpha-thrombin complexed with hirugen and the alpha-keto acid thrombin inhibitor APPA (p-amidinophenylpyruvate) that diffract to 1.6 A resolution were obtained by soaking an alpha-thrombin-hirugen crystal in a solution of APPA. The crystal structure was determined using the difference Fourier method and refined to an R factor of 18.7% at 1.6 A resolution. This structure is the highest resolution structure of the thrombin molecule that is currently available. With the exception of the region near Arg77A-Asn78, the structures of the thrombin and hirugen molecules in the ternary complex are similar to those reported for the thrombin-hirugen binary complex. As previously determined for the APPA-trypsin complex, the carbonyl carbon atom of APPA forms a covalent bond with O gamma of Ser195 of thrombin to yield a "transition-state" analog of the tetrahedral intermediate. Comparison of the specificity pocket of the APPA complexes of thrombin and trypsin reveals differences in hydrogen bonding and shows for the first time that the S1 site of thrombin is larger than that of trypsin and as a result thrombin may be able to accommodate a bulkier P1 group than trypsin.

Abstract aus PubMed (NCBI) für den zitierten Eintrag, in der Originalsprache wiedergegeben. Maßgeblich ist die Fassung der Originalpublikation.

Das Abstract wird nicht übersetzt, damit die eigene Wortwahl der Autoren erhalten bleibt.

Durch Tränken eines α-Thrombin-Hirugen-Kristalls in APPA-Lösung (p-Amidinophenylpyruvat) entstanden Kristalle des ternären Komplexes, die bis 1,6 Å beugen; die Struktur wurde per Differenz-Fourier-Analyse bis zu einem R-Faktor von 18,7 % verfeinert. Sie ist die derzeit höchstaufgelöste Thrombinstruktur. Wie im APPA-Trypsin-Komplex bildet der Carbonylkohlenstoff von APPA eine kovalente Bindung zum Oγ von Ser195, ein Übergangszustandsanalogon des tetraedrischen Zwischenprodukts. Erstmals zeigt sich, dass die S1-Tasche des Thrombins größer ist als die von Trypsin und daher möglicherweise eine sperrigere P1-Gruppe aufnehmen kann.

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