Crystal structure of human alpha-thrombin complexed with hirugen and p-amidinophenylpyruvate at 1.6 A resolution
Research article published in Archives of biochemistry and biophysics (1995)
Abstract
Crystals of human alpha-thrombin complexed with hirugen and the alpha-keto acid thrombin inhibitor APPA (p-amidinophenylpyruvate) that diffract to 1.6 A resolution were obtained by soaking an alpha-thrombin-hirugen crystal in a solution of APPA. The crystal structure was determined using the difference Fourier method and refined to an R factor of 18.7% at 1.6 A resolution. This structure is the highest resolution structure of the thrombin molecule that is currently available. With the exception of the region near Arg77A-Asn78, the structures of the thrombin and hirugen molecules in the ternary complex are similar to those reported for the thrombin-hirugen binary complex. As previously determined for the APPA-trypsin complex, the carbonyl carbon atom of APPA forms a covalent bond with O gamma of Ser195 of thrombin to yield a "transition-state" analog of the tetrahedral intermediate. Comparison of the specificity pocket of the APPA complexes of thrombin and trypsin reveals differences in hydrogen bonding and shows for the first time that the S1 site of thrombin is larger than that of trypsin and as a result thrombin may be able to accommodate a bulkier P1 group than trypsin.
Abstract sourced from PubMed (NCBI) for the cited record. See the original publication for the authoritative version.
Zusammenfassung
Crystals of human alpha-thrombin complexed with hirugen and the alpha-keto acid thrombin inhibitor APPA (p-amidinophenylpyruvate) that diffract to 1.6 A resolution were obtained by soaking an alpha-thrombin-hirugen crystal in a solution of APPA.
Warum dies für die Hirudotherapie relevant ist
Dieser Artikel beschreibt die Kristallstruktur von menschlichem Alpha-Thrombin im Komplex mit Hirugen und APPA (p-Amidinophenylpyruvat) mit einer Auflösung von 1,6 Å, die als die derzeit höchstaufgelöste Thrombinstruktur angegeben wird. Das Abstract stellt fest, dass die Thrombin- und Hirugen-Moleküle im ternären Komplex denen ähnlich sind, die für den Thrombin-Hirugen-Binärkomplex berichtet wurden, beschreibt die kovalente Bindung zwischen APPA und Ser195 als ein Übergangszustandsanalogon und vergleicht die Spezifitätstaschen von Thrombin und Trypsin, wobei es zeigt, dass die S1-Stelle von Thrombin größer ist. Für die ASH ist die Relevanz indirekt: Hirugen ist eine namentlich genannte Komponente des Komplexes, wobei das Abstract jedoch weder dessen Herkunft noch dessen strukturelle Beziehung zu Hirudin spezifiziert. Die Einschränkung besteht darin, dass die Studie rein kristallographisch/in vitro ist und keine therapeutischen oder in-vivo-Daten liefert.
Zitation
Crystal structure of human alpha-thrombin complexed with hirugen and p-amidinophenylpyruvate at 1.6 A resolution
Chen Z et al. · Archives of biochemistry and biophysics, 1995
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Zur ASH-Bibliothek hinzugefügt: May 27, 2026 · Letzte Aktualisierung der Website: 18. Juni 2026