Базы данных de novo-сборки транскриптома центральной нервной системы медицинской пиявки

The study of non-model organisms stands to benefit greatly from genetic and genomic data. For a better understanding of the molecular mechanisms driving neuronal development, and to characterize the entire leech Hirudo medicinalis central nervous system (CNS) transcriptome we combined Trinity for de-novo assembly and Illumina HiSeq2000 for RNA-Seq. We present a set of 73,493 de-novo assembled transcripts for the leech, reconstructed from RNA collected, at a single ganglion resolution, from the CNS. This set of transcripts greatly enriches the available data for the leech. Here, we share two databases, such that each dataset allows a different type of search for candidate homologues. The first is the raw set of assembled transcripts. This set allows a sequence-based search. A comprehensive analysis of which revealed 22,604 contigs with high e-values, aligned versus the Swiss-Prot database. This analysis enabled the production of the second database, which includes correlated sequences to annotated transcript names, with the confidence of BLAST best hit.

Аннотация взята из PubMed (NCBI) для цитируемой записи и приводится на языке оригинала. Авторитетной является версия в исходной публикации.

Аннотация оставлена без перевода, чтобы сохранить собственные формулировки авторов.

Для характеристики транскриптома центральной нервной системы медицинской пиявки Hirudo medicinalis и молекулярных механизмов развития нейронов выполнена de novo сборка (Trinity) данных РНК-секвенирования (Illumina HiSeq2000), полученных с разрешением отдельных ганглиев. Представлено 73 493 собранных транскрипта и две базы данных: исходный набор для поиска по последовательности и база аннотированных названий транскриптов. При сопоставлении с Swiss-Prot 22 604 контига показали высокие e-значения. Данные существенно расширяют доступную геномную информацию по пиявкам.

Узнайте, как это исследование связано с клинической практикой

Другие рецензируемые исследования в разделе «Геномика и протеомика».

• Leech Salivary Proteome and Transcriptome: 434 Deduced Protein Sequences — Liu Z, Tong X, Su Y, et al. (2019)
• Medicinal Leech Draft Genome — Anticoagulant Gene Survey — Kvist S, Manzano-Marín A, de Carle D, Trontelj P, Siddall ME (2020)
• Лечение пиявками (Hirudo medicinalis) ослабляет повреждения яичка, вызванные ишемией/реперфузией яичка, на экспериментальной модели у животных — Davoodi F et al. (2021)
• Новый антикоагулянтный белок из медицинской пиявки — Manuvera V et al. (2024)
• AIF-1 и RNASET2 играют комплементарные роли во врождённом иммунном ответе медицинской пиявки — Baranzini N et al. (2019)
• Антимикробные пептиды медицинской пиявки, не обладающие токсичностью, — перспективная альтернативная стратегия борьбы с патогенами, устойчивыми к антибиотикам — Grafskaia E et al. (2019)
• Структурные основы тромболитической активности дестабилазы медицинской пиявки — Marin E et al. (2023)
• Геном медицинской пиявки (Whitmania pigra) и сравнительное геномное исследование для поиска биологически активных веществ — Tong L et al. (2022)
• ЦНС медицинской пиявки как модель изучения экзосом во взаимодействии между микроглией и нейронами — Raffo-Romero A et al. (2018)
• Транскриптомное профилирование и первый анализ пространственной экспрессии генов-кандидатов в слюнной железе восточноазиатской медицинской пиявки Hirudo nipponia — Kim J et al. (2024)

Все исследования, проанализированные ASH →