Сравнительная геномика свидетельствует об обширной экспансии антитромботических генов у Haemadipsa yanyuanensis

Haemadipsa yanyuanensis Liu & Song, 1977, is a terrestrial blood-feeding leech whose antithrombotic repertoire remains insufficiently characterized. We present its first chromosome-level genome assembly (165.32 Mb across nine chromosomes; BUSCO: 97.6%) using Nanopore long reads, Hi-C scaffolding, and RNA-seq data. We identified 193 putative antithrombotic genes in 15 putative families, representing a 2.2- to 2.7-fold increase in gene number but reduced family diversity compared with aquatic medicinal leeches, including Hirudo nipponia Whitman, 1886, Hirudinaria manillensis Lesson, 1842, and Hirudo medicinalis Linnaeus, 1758. Notably, the putative bdellin, LDTI, and LCI gene families exhibited marked lineage-specific expansions, ranging from 8.7- to 25-fold relative to those of aquatic leeches. In addition, the putative progranulin gene displayed a distinctive structural organization characterized by 122 cysteine residues and nine tandem repeats. Transcriptomic profiling revealed elevated expression of four expanded putative families, suggesting potential roles in terrestrial blood-feeding adaptation. This chromosome-scale genome provides a valuable resource for investigating anticoagulation mechanisms and may inform the development of next-generation antithrombotic therapeutics.

Аннотация взята из PubMed (NCBI) для цитируемой записи и приводится на языке оригинала. Авторитетной является версия в исходной публикации.

Аннотация оставлена без перевода, чтобы сохранить собственные формулировки авторов.

Представлена первая сборка генома хромосомного уровня для наземной кровососущей пиявки Haemadipsa yanyuanensis: 165,32 Мб, девять хромосом, полнота BUSCO 97,6% (Nanopore, Hi-C, RNA-seq). Идентифицировано 193 предположительных антитромботических гена из 15 семейств, что соответствует росту числа генов в 2,2–2,7 раза при снижении разнообразия семейств по сравнению с водными медицинскими пиявками. Семейства bdellin, LDTI и LCI расширены в 8,7–25 раз; экспрессия четырёх расширенных семейств повышена. По-видимому, это отражает адаптацию к наземному кровососанию и может способствовать разработке новых антитромботических препаратов.

Узнайте, как это исследование связано с клинической практикой

Другие рецензируемые исследования в разделе «Геномика и протеомика».

• Leech Salivary Proteome and Transcriptome: 434 Deduced Protein Sequences — Liu Z, Tong X, Su Y, et al. (2019)
• Medicinal Leech Draft Genome — Anticoagulant Gene Survey — Kvist S, Manzano-Marín A, de Carle D, Trontelj P, Siddall ME (2020)
• Лечение пиявками (Hirudo medicinalis) ослабляет повреждения яичка, вызванные ишемией/реперфузией яичка, на экспериментальной модели у животных — Davoodi F et al. (2021)
• Новый антикоагулянтный белок из медицинской пиявки — Manuvera V et al. (2024)
• AIF-1 и RNASET2 играют комплементарные роли во врождённом иммунном ответе медицинской пиявки — Baranzini N et al. (2019)
• Антимикробные пептиды медицинской пиявки, не обладающие токсичностью, — перспективная альтернативная стратегия борьбы с патогенами, устойчивыми к антибиотикам — Grafskaia E et al. (2019)
• Структурные основы тромболитической активности дестабилазы медицинской пиявки — Marin E et al. (2023)
• Геном медицинской пиявки (Whitmania pigra) и сравнительное геномное исследование для поиска биологически активных веществ — Tong L et al. (2022)
• ЦНС медицинской пиявки как модель изучения экзосом во взаимодействии между микроглией и нейронами — Raffo-Romero A et al. (2018)
• Транскриптомное профилирование и первый анализ пространственной экспрессии генов-кандидатов в слюнной железе восточноазиатской медицинской пиявки Hirudo nipponia — Kim J et al. (2024)

Все исследования, проанализированные ASH →